情報量で読み解く細胞の生命現象

研究課題

体系的番号	JPMJCR1912
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJCR1912
研究代表者	樺島祥介東京工業大学, 情報理工学院, 教授
研究期間 (年度)	2019 – 2024
概要	生命現象の解明を念頭に、情報量を基軸として、細胞内情報伝達をつかさどる機構を計測されたデータにもとづいて同定する方法を開発します。また、得られた結果の信頼性を評価する方法を開発します。ガンに関係する少数分子種間の反応の連鎖を情報量の流れとして特徴づけます。加えて、免疫系における遺伝子発現ネットワークを同定します。健常系と疾患系との比較により、ガンや免疫疾患の診断・治療につながる知見を得ます。
研究領域	数学・数理科学と情報科学の連携・融合による情報活用基盤の創出と社会課題解決に向けた展開

主な研究成果
(8件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (8件) (国際共著 1件、査読あり 8件、オープンアクセス 7件)

[雑誌論文] Generating Gradients in the Energy Landscape Using Rectified Linear Type Cost Functions for Efficiently Solving 0/1 Matrix Factorization in Simulated Annealing2024
- 著者名
  Makiko Konoshima, Hirotaka Tamura, Yoshiyuki Kabashima
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 93 号: 4
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Detection of diffusion anisotropy from an individual short particle trajectory2024
- 著者名
  Kaito Takanami, Daisuke Taniguchi, Masafumi Kuroda, Sawako Enoki, Yasushi Okada, Yoshiyuki Kabashima
- 雑誌名
  
  Physical Review Research
  
  巻: 6 号: 3
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Four-color single-molecule imaging system for tracking GPCR dynamics with fluorescent HiBiT peptide2024
- 著者名
  Yoda, T., Sako, Y., Inoue, A., and Yanagawa, M.
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
  
  巻: 21
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Bioinformatic Annotation of Transposon DNA Processing Genes on the Long-Read Genome Assembly of Caenorhabditis elegansh superresolution microscopy2024
- 著者名
  Arata,Y., Jurica, P., Parrish, N. F., and Sako, Y.
- 雑誌名
  
  Bioinformatics and Biology Insights
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Diffusion Model Based Posterior Samplng for Noisy Linear Inverse Problems2024
- 著者名
  Xiangming Meng, Yoshiyuki Kabashima
- 雑誌名
  
  Proceedings of Machine Learning Research
  
  巻: 260 ページ: 623-638
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Evaluation of information flows in the RAS-MAPK system using transfer entropy measurements2024
- 著者名
  Umeki, N., Kabashima, Y., and Sako Y.
- 雑誌名
  
  eLife
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Forecasting long-time dynamics in quantum many-body systems by dynamic mode decomposition2024
- 著者名
  Ryui Kaneko, Masatoshi Imada, Yoshiyuki Kabashima, Tomi Ohtsuki
- 雑誌名
  
  Physical Review Research
  
  巻: 7
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Exact Replica Symmetric Solution for Transverse Field Hopfield Model under Finite Trotter Size2024
- 著者名
  Koki Okajima and Yoshiyuki Kabashima
- 雑誌名
  
  Journal of the Physical Society of Japan
  
  巻: 94 号: 4
- 査読あり

情報量で読み解く細胞の生命現象

研究代表者

樺島 祥介 東京工業大学, 情報理工学院, 教授

主な研究成果

[雑誌論文] Generating Gradients in the Energy Landscape Using Rectified Linear Type Cost Functions for Efficiently Solving 0/1 Matrix Factorization in Simulated Annealing2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Detection of diffusion anisotropy from an individual short particle trajectory2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Four-color single-molecule imaging system for tracking GPCR dynamics with fluorescent HiBiT peptide2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Bioinformatic Annotation of Transposon DNA Processing Genes on the Long-Read Genome Assembly of Caenorhabditis elegansh superresolution microscopy2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Diffusion Model Based Posterior Samplng for Noisy Linear Inverse Problems2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Evaluation of information flows in the RAS-MAPK system using transfer entropy measurements2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Forecasting long-time dynamics in quantum many-body systems by dynamic mode decomposition2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Exact Replica Symmetric Solution for Transverse Field Hopfield Model under Finite Trotter Size2024

著者名

雑誌名

樺島祥介東京工業大学, 情報理工学院, 教授