合成細菌JCVI syn3.0B とゲノム操作を用いた細胞進化モデルの構築

研究課題

体系的番号	JPMJCR19S5
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJCR19S5
研究代表者	宮田真人大阪市立大学, 大学院理学研究科, 教授
研究期間 (年度)	2019 – 2024
概要	JCVI-syn3.0は,2016年にマイコプラズマを基に作られた合成細菌で,そのゲノムは増殖に必須な遺伝子のみで構成されています.本研究では,様々な遺伝子をこの合成細菌に移植・発現させて,運動,細胞壁形成,DNA分配,膜リモデリング,などの能力の獲得という原始の細胞から真核生物にいたるイベントを実験で再現します.さらに,細胞を自由にデザインすることにより,新たな細胞の構築を行います.
研究領域	ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出

主な研究成果
(17件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (17件) (国際共著 5件、オープンアクセス 17件、査読あり 15件)

[雑誌論文] Exploring the archaeal origin of eukaryotic protein machineries2024
- 著者名
  Tran Thuy Linh
- 雑誌名
  
  博士論文
- オープンアクセス
[雑誌論文] Mutagenic analysis of actin reveals the mechanism of His161 flipping that triggers ATP hydrolysis2024
- 著者名
  Mitsusada Iwasa, Shuichi Takeda, Akihiro Narita, Yuichiro Maeda, Toshiro Oda
- 雑誌名
  
  Frontiers in Cell and Developmental Biology
  
  巻: 11 ページ: 1105460
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Akihiro Narita cell.com の [HTML] Full View Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T4SS-associated T-pilus reveals stoichiometric protein-phospholipid assembly2024
- 著者名
  Stefan Kreida, Akihiro Narita, Matthew D Johnson, Elitza I Tocheva, Anath Das, Debnath Ghosal, Grant J Jensen
- 雑誌名
  
  Structure
  
  巻: 31 号: 4 ページ: 385-394
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Mechanical Stress Decreases the Amplitude of Twisting and Bending Fluctuations of Actin Filaments2024
- 著者名
  Kaoru Okura, Tomoharu Matsumoto, Akihiro Narita, Hitoshi Tatsumi
- 雑誌名
  
  Journal of Molecular Biology
  
  巻: 435 号: 12 ページ: 168295
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Construction and characterization of a hypervesiculation strain of Escherichia coli Nissle 19172024
- 著者名
  Sawabe T, Ojima Y, Nakagawa M, Sawada T, Tahara Y O, Miyata M, Azuma M
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Visualization of Bacillus subtilis spore structure and germination using quick-freeze deep-etch electron microscopy2024
- 著者名
  Jalil K, Tahara Y O, Miyata M
- 雑誌名
  
  Microscopy
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Internal structure of Mycoplasma mobile gliding machinery analyzed by negative staining electron tomography2024
- 著者名
  Fukushima M, Toyonaga T, Tahara Y O, Nakane D, Miyata M
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Synthetic control of actin polymerization and symmetry breaking in active protocells.2024
- 著者名
  Shiva Razavi, Felix Wong, Bedri Abubaker-Sharif, Hideaki T Matsubayashi, Hideki Nakamura, Nhung Thi Hong Nguyen, Douglas N Robinson, Baoyu Chen, Pablo A Iglesias, Takanari Inoue
- 雑誌名
  
  Science advances
  
  巻: 10 号: 24
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Promethearchaeum syntrophicum gen nov, sp nov, an anaerobic, obligately syntrophic archaeon, the first isolate of the lineage ‘Asgard’ archaea, and proposal of the new archaeal phylum Promethearchaeota phyl nov and kingdom Promethearchaeati regn nov.2024
- 著者名
  Imachi H, Nobu M K, Kato S, Takaki Y, Miyazaki M, Miyata M, Ogawara M, Saito Y, Sakai S, Tahara Y O, Takano Y, Tasumi E, Uematsu K, Yoshimura T, Itoh T, Ohkuma M, Takai K
- 雑誌名
  
  International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
  
  巻: 74
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Intercompatibility of eukaryotic and Asgard archaea ribosome-translocon machineries2024
- 著者名
  Isaac Carilo, Yosuke Senju, Takeshi Yokoyama, Robert C Robinson
- 雑誌名
  
  J. Biol. Chem.
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Evidence for the relocalization of the ribosome-translocon complex as a key event for the emergence of endoplasmic reticulum during eukaryogenesis2024
- 著者名
  Isaac Carilo
- 雑誌名
  
  博士論文
- オープンアクセス
[雑誌論文] Rapid in vitro method to assemble and transfer DNA fragments into the JCVI-syn3B minimal synthetic bacterial genome through Cre/loxP system2024
- 著者名
  Uenoyama A, Kiyama H, Mimura M, Miyata M
- 雑誌名
  
  Biophysics and Physicobiology
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Septal wall synthesis is sufficient to change ameba-like cells into uniform oval-shaped cells in Escherichia coli L-forms.2024
- 著者名
  Masafumi Hayashi, Chigusa Takaoka, Koichi Higashi, Ken Kurokawa, William Margolin, Taku Oshima, Daisuke Shiomi
- 雑誌名
  
  Communications biology
  
  巻: 7 号: 1 ページ: 1569
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] A unified purification method for actin-binding proteins using a TEV-cleavable His-Strep-tag2024
- 著者名
  Daichi Nakajima, Nozomi Takahashi, Takanari Inoue, Shin-ichiro M. Nomura, Hideaki T. Matsubayashi
- 雑誌名
  
  MethodsX
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Dimeric assembly of F1-like ATPase for the gliding motility of Mycoplasma2024
- 著者名
  Toyonaga T, Kato T, Kawamoto A, Miyata T, Kawakami K, Fujita J, Hamaguchi T, Namba K, Miyata M
- 雑誌名
  
  Science Advances
  
  巻: 11 号: 9
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Spiroplasma eriocheiris FtsZ assembles the ring-like structure assisted by SepF.2024
- 著者名
  Taishi Kasai, Yuhei O Tahara, Makoto Miyata, Daisuke Shiomi
- 雑誌名
  
  The Journal of biological chemistry
  
  ページ: 108373-108373
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Assembly formation of P65 protein, featured by an intrinsically disordered region involved in gliding machinery of Mycoplasma pneumoniae2024
- 著者名
  Yabe M, Toyonaga T, Kinoshita M, Furukawa Y, Hamaguchi T, Tahara YO, Arai M, Imada K, Miyata M
- 雑誌名
  
  Biomolecules
  
  巻: 15
- 査読あり / オープンアクセス

合成細菌JCVI syn3.0B とゲノム操作を用いた細胞進化モデルの構築

研究代表者

宮田 真人 大阪市立大学, 大学院理学研究科, 教授

主な研究成果

[雑誌論文] Exploring the archaeal origin of eukaryotic protein machineries2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Mutagenic analysis of actin reveals the mechanism of His161 flipping that triggers ATP hydrolysis2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Akihiro Narita cell.com の [HTML] Full View Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T4SS-associated T-pilus reveals stoichiometric protein-phospholipid assembly2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Mechanical Stress Decreases the Amplitude of Twisting and Bending Fluctuations of Actin Filaments2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Construction and characterization of a hypervesiculation strain of Escherichia coli Nissle 19172024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Visualization of Bacillus subtilis spore structure and germination using quick-freeze deep-etch electron microscopy2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Internal structure of Mycoplasma mobile gliding machinery analyzed by negative staining electron tomography2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Synthetic control of actin polymerization and symmetry breaking in active protocells.2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Promethearchaeum syntrophicum gen nov, sp nov, an anaerobic, obligately syntrophic archaeon, the first isolate of the lineage ‘Asgard’ archaea, and proposal of the new archaeal phylum Promethearchaeota phyl nov and kingdom Promethearchaeati regn nov.2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Intercompatibility of eukaryotic and Asgard archaea ribosome-translocon machineries2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Evidence for the relocalization of the ribosome-translocon complex as a key event for the emergence of endoplasmic reticulum during eukaryogenesis2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Rapid in vitro method to assemble and transfer DNA fragments into the JCVI-syn3B minimal synthetic bacterial genome through Cre/loxP system2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Septal wall synthesis is sufficient to change ameba-like cells into uniform oval-shaped cells in Escherichia coli L-forms.2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] A unified purification method for actin-binding proteins using a TEV-cleavable His-Strep-tag2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Dimeric assembly of F1-like ATPase for the gliding motility of Mycoplasma2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Spiroplasma eriocheiris FtsZ assembles the ring-like structure assisted by SepF.2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Assembly formation of P65 protein, featured by an intrinsically disordered region involved in gliding machinery of Mycoplasma pneumoniae2024

著者名

雑誌名

宮田真人大阪市立大学, 大学院理学研究科, 教授