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3Dドメインスワッピングを利用したタンパク質の自在配列と機能化

研究課題

戦略的な研究開発の推進 戦略的創造研究推進事業 CREST

体系的番号 JPMJCR20B3
DOI https://doi.org/10.52926/JPMJCR20B3

研究代表者

廣田 俊  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授

研究期間 (年度) 2020 – 2025
概要サイズと構造が均一であるタンパク質を自由自在に集積することができれば様々な応用が期待できるため,近年,タンパク質超分子の作製に関する研究が注目されている。本研究では,研究代表者が行ってきた3Dドメインスワッピング(3D-DS)の研究をさらに発展させ,3D-DSに関する基礎から応用まで実験と理論の包括的な研究を行い,3D-DSによるタンパク質自在配列の基盤学理を創成するとともに,革新的医薬品の開発を目指す。
研究領域原子・分子の自在配列・配向技術と分子システム機能
  • 主な研究成果

    (12件)

すべて 2024

すべて 雑誌論文 (12件) (国際共著 3件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 8件)

  • [雑誌論文] Enzymatization of mouse monoclonal antibodies to the corresponding catalytic antibodies.2024

    • 著者名
      E.Hifumi*, Y. Ito, M. Tsujita, H.Taguchi, T.Uda
    • 雑誌名

      Scientific reports

      巻: 14 ページ: 12184

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Aggregation of Apo/Glycated Human Serum Albumins and Aptamer-Saturated Graphene Quantum Dot: A Simulation Study2024

    • 著者名
      Sittiwanichai, Sirin, Archapraditkul, Chanya, Japrung, Deanpen, Shigeta, Yasuteru, Mori, Toshifumi*, Pongprayoon, Prapasiri*
    • 雑誌名

      BIOCHEMISTRY

      巻: 63 号: 13 ページ: 1697-1707

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Real-time observation of a metal complex-driven reaction intermediate using a porous protein crystal and serial femtosecond crystallography2024

    • 著者名
      Basudev Maity*, Mitsuo Shoji*, Fangjia Luo, Takanori Nakane, Satoshi Abe, Shigeki Owada, Jungmin Kang, Kensuke Tono, Rie Tanaka, Thuc Toan Pham, Mariko Kojima, Yuki Hishikawa, Junko Tanaka, Jiaxin Tian, Misaki Nagama, Taiga Suzuki, Hiroki Noya, Yuto Nakasuji, Asuka Asanuma, Xinchen Yao, So Iwata, Yasuteru Shigeta, Eriko Nango*, Takafumi Ueno*
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Anion Effects on the Structure and Stability of 3D Domain-Swapped Cytochrome c Dimer2024

    • 著者名
      Kodai Fujiwara, Michiko Ryuzaki, Masaru Yamanaka, Tsuyoshi Mashima, Tomonori Saotome, Shun-ichi Kidokoro, Shun Hirota*
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 53 号: 8 ページ: 150

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Construction of ligand-binding controlled hemoprotein assemblies utilizing 3D domain swapping2024

    • 著者名
      Tsuyoshi Mashima, Masaru Yamanaka, Atsuki Yoshida, Naoya Kobayashi, Yui Kanaoka, Takayuki Uchihashi, Shun Hirota*
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 60 ページ: 9440-9443

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A machine learning potential construction based on radial distribution function sampling2024

    • 著者名
      Natsuki Watanabe, Yuta Hori*, Hiroki Sugisawa, Tomonori Ida, Mitsuo Shoji, Yasuteru Shigeta*
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Why is Dimeric 3D Domain Swapping in Antibody Light Chains Missing from the Solution? Atomistic Insights Mechanisms2024

    • 著者名
      L. Duan, K. Hengphasatporn*, T. Sakai, R. Fujiki, N. Yoshida, S. Hirota, Y. Shigeta*
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B

      巻: 128 号: 38 ページ: 9086-9093

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Machine learning-based QSAR and LB-PaCS-MD guided design of SARS-CoV-2 main protease inhibitors2024

    • 著者名
      Toopradab, Borwornlak, Xie, Wanting, Duan, Lian, Hengphasatporn, Kowi, Harada, Ryuhei, Sinsulpsiri, Silpsiri, Shigeta, Yasuteru, Shi, Liyi, Maitarad, Phornphimon*, Rungrotmongkol, Thanyada*
    • 雑誌名

      Bioorganic & medicinal chemistry letters

      巻: 110

    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Experimental and Computational Studies on Domain-Swapped Structure Stabilization of an Antibody Light Chain by Disulfide Bond Introduction2024

    • 著者名
      Wahyu Fitriana, Takahiro Sakai, Lian Duan, Kowit Hengphasatporn, Yasuteru Shigeta*, Tsuyoshi Mashima, Taizo Uda, Emi Hifumi, Shun Hirota*
    • 雑誌名

      Journal of Medicinal Chemistry

      巻: 67 号: 24 ページ: 22313-22321

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Polysulfur-based bulking of dynamin-related protein 1 prevents ischemic sulfide catabolism and heart failure in mice2024

    • 著者名
      Nishimura, Akiyuki, Ogata, Seiryo, Tang, Xiaokang, Hengphasatporn, Kowi, Umezawa, Keitaro, Sanbo, Makoto, Hirabayashi, Masumi, Kato, Yuri, Ibuki, Yuko, Kumagai, Yoshito, Kobayashi, Kenta, Kanda, Yasunari, Urano, Yasuteru, Shigeta, Yasuteru, Akaike, Takaaki, Nishida, Motohiro*
    • 雑誌名

      NATURE COMMUNICATIONS

      巻: 16 号: 1 ページ: 276-276

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Apoprotein Intermolecular Interactions and Heme Insertion for 3D Domain Swapping in Heme Proteins2024

    • 著者名
      Gissi Novientri, Koji Takeda, Lian Duan, Kowit Hengphasatporn, Yasuteru Shigeta, Cheng Xie, Tsuyoshi Mashima, Shun Hirota*
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 10 号: 7 ページ: 7039-7047

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Construction of a Cyclic Regular-Triangle Trimer of Cytochrome c555 with a Central Hole Using Sortase A2024

    • 著者名
      Gissi Novientri, Kodai Fujiwara, Tsuyoshi Mashima, Hiroaki Matsuura, Hideaki Ogata, Takayuki Uchihashi, Sotaro Fujii, Yoshihiro Sambongi, Shun Hirota*
    • 雑誌名

      Chemistry - A European Journal

    • 査読あり

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JSTプロジェクトデータベース掲載開始日: 2021-03-18   JSTプロジェクトデータベース最終更新日: 2026-09-08  

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