離散数学と統計科学の融合による生命科学データ解析の技術革新

研究課題

戦略的な研究開発の推進創発的研究支援事業

体系的番号	JPMJFR2135
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJFR2135
研究代表者	早水桃子早稲田大学, 理工学術院, 准教授
研究期間 (年度)	2023 – 2029 (予定)
概要	１細胞の遺伝子発現データから細胞の系譜を解明することは、幹細胞を用いた再生医療の研究などにも関わる重要な系統解析の課題ですが、その解決にはDNAの塩基配列などを用いる古典的な系統解析とは異なるアプローチが必要です。本研究では、1細胞の遺伝子発現データを活用した細胞分化の軌跡推定を可能にするため、離散数学と統計科学の融合によって細胞同士の関係を表すグラフ構造を推定して統計的信頼性を評価する手法を構築・整備します。
研究領域	川村パネル

報告書

(3件)

主な研究成果
(4件)

すべて雑誌論文 (4件) (国際共著 1件、オープンアクセス 4件、査読あり 3件)

[雑誌論文] Orienting undirected phylogenetic networks to tree-child network2024
- 著者名
  Shunsuke Maeda, Yusuke Kaneko, Hideaki Muramatsu, Yukihiro Murakami, Momoko Hayamizu
- 雑誌名
  
  Preprint
- オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Orientability of undirected phylogenetic networks to a desired class: Practical algorithms and application to tree-child orientation2024
- 著者名
  Tsuyoshi Urata, Manato Yokoyama, Momoko Hayamizu
- 雑誌名
  
  The Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2024)
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Bridging between Deviation Indices for Non-Tree-Based Phylogenetic Networks (previous title: Rooted Almost-binary Phylogenetic Networks for which the Maximum Covering Subtree Problem is Solvable in Linear Time)2024
- 著者名
  Takatora Suzuki, Han Guo, Momoko Hayamizu
- 雑誌名
  
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
  
  巻: 21 号: 6 ページ: 2226-2234
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Machine learning approaches to explore important features behind bird flight modes2024
- 著者名
  Yukino Kawai, Tatsuya Hisada, Kozue Shiomi, Momoko Hayamizu
- 雑誌名
  
  IPSJ Transactions on Bioinformatics (TBIO)
  
  巻: 18
- 査読あり / オープンアクセス