マルチモダリティ創薬を拓くインフォマティクス基盤

研究課題

体系的番号	JPMJFR216J
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJFR216J
研究代表者	大上雅史東京工業大学, 情報理工学院, 助教
研究期間 (年度)	2022 – 2028 (予定)
概要	多様化・高難易度化する創薬研究開発の状況を打開するため、本研究は薬のタネとなり得るさまざまな分子の種類（モダリティ）を、統一的な情報技術・手法によって扱うためのインフォマティクス基盤の実現に挑戦します。「マルチモダリティ創薬」という新たな学問分野を開拓し、情報技術の横断化・共通化によって得られる革新的技術により、将来の医薬品産業にブレイクスルーをもたらします。
研究領域	八木パネル

報告書

(4件)

主な研究成果
(12件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (12件) (査読あり 12件、オープンアクセス 10件)

[雑誌論文] Enhancing property and activity prediction and interpretation using multiple molecular graph representations with MMGX2024
- 著者名
  Kengkanna A, Ohue M.
- 雑誌名
  
  Communications Chemistry
  
  巻: 7 ページ: 74
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization2024
- 著者名
  Boku T, Sugita M, Kobayashi R, Furuya S, Fujie T, Ohue M, Akiyama Y
- 雑誌名
  
  ICPP '24: Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing
  
  ページ: 1082-1091
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Natural Product-like Compound Generation with Chemical Language Models2024
- 著者名
  Sakano K, Furui K, Ohue M.
- 雑誌名
  
  Proceedings of The 30th International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA’24)
  
  巻: 2256 ページ: 153-166
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Active learning for energy-based antibody optimization and enhanced screening2024
- 著者名
  Furui K, Ohue M
- 雑誌名
  
  NeurIPS 2024 MLSB Workshop
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] REALM: Region-Empowered Antibody Language Model for Antibody Property Prediction2024
- 著者名
  Nishino T, Kato N, Tsutaoka T, Li Y, Ohue M
- 雑誌名
  
  Proceedings of 2024 IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (IEEE BIBM 2024)
  
  ページ: 7104-7106
- 査読あり
[雑誌論文] Predicting Antibody Stability pH Values from Amino Acid Sequences: Leveraging Protein Language Models for Formulation Optimization2024
- 著者名
  Tsutaoka T, Kato N, Nishino T, Li Y, Ohue M
- 雑誌名
  
  Proceedings of 2024 IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (IEEE BIBM 2024)
  
  ページ: 240-243
- 査読あり
[雑誌論文] Innovations in Mathematical Modeling, AI, and Optimization Techniques2024
- 著者名
  Ohue M, Yasuo N, Takata M
- 雑誌名
  
  The Journal of Supercomputing
  
  巻: 81 ページ: 340
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] NPGPT: natural product-like compound generation with GPT-based chemical language models2024
- 著者名
  Sakano K, Furui K, Ohue M
- 雑誌名
  
  The Journal of Supercomputing
  
  巻: 81 ページ: 352
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] PairMap: An Intermediate Insertion Approach for Improving the Accuracy of Relative Free Energy Perturbation Calculations for Distant Compound Transformations2024
- 著者名
  Furui K, Shimizu T, Akiyama Y, Kimura SR, Terada Y, Ohue M
- 雑誌名
  
  Journal of Chemical Information and Modeling
  
  巻: 65 号: 2 ページ: 705-721
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] SpatialPPIv2: Enhancing protein?protein interaction prediction through graph neural networks with protein language models2024
- 著者名
  Hu W, Ohue M
- 雑誌名
  
  Computational and Structural Biotechnology Journal
  
  巻: 27 ページ: 508-518
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] AIが広げる分子設計の可能性2024
- 著者名
  大上雅史
- 雑誌名
  
  Drug Delivery System
  
  巻: 40 号: 1 ページ: 62-70
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Benchmarking HelixFold3-Predicted Holo Structures for Relative Free Energy Perturbation Calculations2024
- 著者名
  Furui K, Ohue M
- 雑誌名
  
  ACS Omega
  
  巻: 10 号: 11 ページ: 11411-11420
- 査読あり / オープンアクセス

マルチモダリティ創薬を拓くインフォマティクス基盤

研究代表者

大上 雅史 東京工業大学, 情報理工学院, 助教

報告書

主な研究成果

[雑誌論文] Enhancing property and activity prediction and interpretation using multiple molecular graph representations with MMGX2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Natural Product-like Compound Generation with Chemical Language Models2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Active learning for energy-based antibody optimization and enhanced screening2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] REALM: Region-Empowered Antibody Language Model for Antibody Property Prediction2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Predicting Antibody Stability pH Values from Amino Acid Sequences: Leveraging Protein Language Models for Formulation Optimization2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Innovations in Mathematical Modeling, AI, and Optimization Techniques2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] NPGPT: natural product-like compound generation with GPT-based chemical language models2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] PairMap: An Intermediate Insertion Approach for Improving the Accuracy of Relative Free Energy Perturbation Calculations for Distant Compound Transformations2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] SpatialPPIv2: Enhancing protein?protein interaction prediction through graph neural networks with protein language models2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] AIが広げる分子設計の可能性2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Benchmarking HelixFold3-Predicted Holo Structures for Relative Free Energy Perturbation Calculations2024

著者名

雑誌名

大上雅史東京工業大学, 情報理工学院, 助教