自然言語処理とシミュレーションによる細胞制御探索法の構築

研究課題

体系的番号	JPMJCR21N3
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJCR21N3
研究代表者	岡田眞里子大阪大学, 蛋白質研究所, 教授
研究期間 (年度)	2021 – 2026
概要	がん細胞のネットワークを対象にして、自然言語処理を用いた数理モデルの構築、分子および細胞のシミュレーション、機械学習を用いた薬剤のデザインを行う計算ツールを開発し、これらをつなぐことにより、細胞増殖制御における仮説の生成・棄却を通して、最短パスあるいは思いがけない方法で細胞増殖制御を可能にする方法論を構築します。このことにより、生物学研究のデジタルトランスフォーメーションに幅広く貢献します。
研究領域	データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新

主な研究成果
(13件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (13件) (査読あり 11件、オープンアクセス 13件)

[雑誌論文] Shimo Lab at “Discharge Me!”: Discharge Summarization by Prompt-Driven Concatenation of Electronic Health Record Sections2024
- 著者名
  Yunzhen He, Hiroaki Yamagiwa, Hidetoshi Shimodaira
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 23rd Workshop on Biomedical Natural Language Processing
  
  ページ: 645-657
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Block-Diagonal Orthogonal Relation and Matrix Entity for Knowledge Graph Embedding2024
- 著者名
  Yihua Zhu, Hidetoshi Shimodaira
- 雑誌名
  
  Findings of the Association for Computational Linguistics: EMNLP 2024
  
  ページ: 16956-16972
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Axis Tour: Word Tour Determines the Order of Axes in ICA-transformed Embeddings2024
- 著者名
  Hiroaki Yamagiwa, Yusuke Takase, Hidetoshi Shimodaira
- 雑誌名
  
  Findings of the Association for Computational Linguistics: EMNLP 2024
  
  ページ: 477-506
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Understanding Higher-Order Correlations Among Semantic Components in Embeddings2024
- 著者名
  Momose Oyama, Hiroaki Yamagiwa, Hidetoshi Shimodaira
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 2024 Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing
  
  ページ: 2883-2899
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Positive and negative feedback regulation of the TGF-β1 explains two equilibrium states in skin aging2024
- 著者名
  Masatoshi Haga, Keita Iida, Mariko Okada
- 雑誌名
  
  iScience
  
  巻: 27 号: 5 ページ: 109708-109708
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] ErbB2/HER2 expression level determines CDK4-inhibitor sensitivity and cyclin D1 and c-Myc dependency at the G1/S transition2024
- 著者名
  Ayaka Nagasato-Ichikawa, Ken Murakami, Kazuhiro Aoki, Mariko Okada
- 雑誌名
  
  bioRxiv
- オープンアクセス
[雑誌論文] Identifying Key Regulatory Genes in Drug Resistance Acquisition: Modeling Pseudotime Trajectories of Breast Cancer Single-Cell Transcriptome2024
- 著者名
  Keita Iida, Mariko Okada
- 雑誌名
  
  Cancers
  
  巻: 16 号: 10 ページ: 1884-1884
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] <scp>NF</scp>κ<scp>B</scp> dynamics‐dependent epigenetic changes modulate inflammatory gene expression and induce cellular senescence2024
- 著者名
  Sho Tabata, Keita Matsuda, Shou Soeda, Kenshiro Nagai, Yoshihiro Izumi, Masatomo Takahashi, Yasutaka Motomura, Ayaka Ichikawa Nagasato, Kazuyo Moro, Takeshi Bamba, Mariko Okada
- 雑誌名
  
  The FEBS Journal
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] DynProfiler: A Python package for comprehensive analysis and interpretation of signaling dynamics leveraged by deep learning techniques2024
- 著者名
  Masato Tsutsui, Mariko Okada
- 雑誌名
  
  Bioinformatics Advances
  
  巻: 4 号: 1
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Predicting Drug-Gene Relations via Analogy Tasks with Word Embeddings2024
- 著者名
  Hiroaki Yamagiwa, Ryoma Hashimoto, Kiwamu Arakane, Ken Murakami, Shou Soeda, Momose Oyama, Yihua Zhu, Mariko Okada, Hidetoshi Shimodaira
- 雑誌名
  
  arXiv
- オープンアクセス
[雑誌論文] Revisiting Cosine Similarity via Normalized ICA-transformed Embeddings2024
- 著者名
  Hiroaki Yamagiwa, Momose Oyama, Hidetoshi Shimodaira
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 31st International Conference on Computational Linguistics
  
  ページ: 7423-7452
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Norm of Mean Contextualized Embeddings Determines their Variance2024
- 著者名
  Hiroaki Yamagiwa, Hidetoshi Shimodaira
- 雑誌名
  
  Proceedings of the 31st International Conference on Computational Linguistics
  
  ページ: 7778-7808
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] An Attention‐Based Deep Neural Network Model to Detect Cis‐Regulatory Elements at the Single‐Cell Level From Multi‐Omics Data2024
- 著者名
  Ken Murakami, Keita Iida, Mariko Okada
- 雑誌名
  
  Genes to Cells
  
  巻: 30 号: 2
- 査読あり / オープンアクセス

自然言語処理とシミュレーションによる細胞制御探索法の構築

研究代表者

岡田 眞里子 大阪大学, 蛋白質研究所, 教授

主な研究成果

[雑誌論文] Shimo Lab at “Discharge Me!”: Discharge Summarization by Prompt-Driven Concatenation of Electronic Health Record Sections2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Block-Diagonal Orthogonal Relation and Matrix Entity for Knowledge Graph Embedding2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Axis Tour: Word Tour Determines the Order of Axes in ICA-transformed Embeddings2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Understanding Higher-Order Correlations Among Semantic Components in Embeddings2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Positive and negative feedback regulation of the TGF-β1 explains two equilibrium states in skin aging2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] ErbB2/HER2 expression level determines CDK4-inhibitor sensitivity and cyclin D1 and c-Myc dependency at the G1/S transition2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Identifying Key Regulatory Genes in Drug Resistance Acquisition: Modeling Pseudotime Trajectories of Breast Cancer Single-Cell Transcriptome2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] <scp>NF</scp>κ<scp>B</scp> dynamics‐dependent epigenetic changes modulate inflammatory gene expression and induce cellular senescence2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] DynProfiler: A Python package for comprehensive analysis and interpretation of signaling dynamics leveraged by deep learning techniques2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Predicting Drug-Gene Relations via Analogy Tasks with Word Embeddings2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Revisiting Cosine Similarity via Normalized ICA-transformed Embeddings2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Norm of Mean Contextualized Embeddings Determines their Variance2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] An Attention‐Based Deep Neural Network Model to Detect Cis‐Regulatory Elements at the Single‐Cell Level From Multi‐Omics Data2024

著者名

雑誌名

岡田眞里子大阪大学, 蛋白質研究所, 教授