ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測

研究課題

体系的番号	JPMJCR21N6
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJCR21N6
研究代表者	二階堂愛理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー
研究期間 (年度)	2021 – 2026
概要	DNAを変異させる様々な摂動から自らを保護する力であるゲノムレジリエンスの機序を1細胞マルチオミクス計測、ロボット技術、人工知能技術を用いて解明する。ゲノムレジリエンスの膨大なデータから、ゲノム不安定性が組織や細胞型ごとに特定のゲノム領域で起きる普遍的なメカニズムを理解する。
研究領域	データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新

主な研究成果
(7件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (7件) (国際共著 1件、査読あり 7件、オープンアクセス 6件)

[雑誌論文] A simple method for finding related sequences by adding probabilities of alternative alignments.2024
- 著者名
  Martin C Frith
- 雑誌名
  
  Genome research
  
  巻: 34 号: 8 ページ: 1165-1173
- 査読あり
[雑誌論文] Transcriptomic signatures of WNT-driven pathways and granulosa cell-oocyte interactions during primordial follicle activation2024
- 著者名
  Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima
- 雑誌名
  
  PLOS ONE
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Targeted nanopore sequencing using the Flongle device to identify mitochondrial DNA variants.2024
- 著者名
  Shintaro Akamatsu, Satomi Mitsuhashi, Kaima Soga, Heisuke Mizukami, Makoto Shiraishi, Martin C Frith, Yoshihisa Yamano
- 雑誌名
  
  Scientific reports
  
  巻: 14 号: 1 ページ: 25161-25161
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Evaluation of microplate handling accuracy for applying robotic arms in laboratory automation2024
- 著者名
  Yoritaka Harazono, Haruko Shimono, Kikumi Hata, Toutai Mitsuyama, Takaaki Horinouchi
- 雑誌名
  
  SLAS Technology
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] The Statistics of Parametrized Syncmers in a Simple Mutation Process Without Spurious Matches.2024
- 著者名
  John L Spouge, Pijush Das, Ye Chen, Martin Frith
- 雑誌名
  
  Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
  
  巻: 31 号: 12 ページ: 1195-1210
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] The Effect of Multi-task Learning on the Prediction of Neoantigen?MHC Class II Binding2024
- 著者名
  Kazuhiro Ikkyu, Itoshi Nikaido
- 雑誌名
  
  IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
  
  ページ: 1-12
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Further varieties of ancient endogenous retrovirus in human DNA.2024
- 著者名
  Martin C Frith
- 雑誌名
  
  Mobile DNA
  
  巻: 16 号: 1 ページ: 11-11
- 査読あり / オープンアクセス

ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測

研究代表者

二階堂 愛 理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー

主な研究成果

[雑誌論文] A simple method for finding related sequences by adding probabilities of alternative alignments.2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Transcriptomic signatures of WNT-driven pathways and granulosa cell-oocyte interactions during primordial follicle activation2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Targeted nanopore sequencing using the Flongle device to identify mitochondrial DNA variants.2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Evaluation of microplate handling accuracy for applying robotic arms in laboratory automation2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] The Statistics of Parametrized Syncmers in a Simple Mutation Process Without Spurious Matches.2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] The Effect of Multi-task Learning on the Prediction of Neoantigen?MHC Class II Binding2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Further varieties of ancient endogenous retrovirus in human DNA.2024

著者名

雑誌名

二階堂愛理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー