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蛋白質構造データバンクのデータ駆動型研究基盤への拡張

研究課題

知識インフラの構築 ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム

体系的番号 JPMJND2205
DOI https://doi.org/10.52926/JPMJND2205

研究代表者

栗栖 源嗣  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授

研究期間 (年度) 2022 – 2026
概要日米欧の国際組織wwPDBの枠組みのもと、構造生物学の基盤データベースである「PDB」(蛋白質立体構造データバンク)と「BMRB」(NMR実験情報データバンク)の日本拠点をさらに効率化して安定的に構築するとともに、AI構造予測技術に対応するためにデータ登録システムの拡張と機械学習用選抜データセットの公開に取り組む。また、立体構造中の分子ポケット情報を自動アノテーションして公開する。
研究領域統合化推進プログラム

報告書

(5件)
  • 2024 中間報告書 ( PDF )   中間評価書 ( PDF )   年次報告書 ( PDF )
  • 2023 年次報告書 ( PDF )
  • 2022 年次報告書 ( PDF )
  • 主な研究成果

    (3件)

すべて 2024

すべて 雑誌論文 (3件) (査読あり 3件)

  • [雑誌論文] Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence‐oriented analysis of protein structures2024

    • 著者名
      Gert-Jan Bekker, Chioko Nagao, Matsuyuki Shirota, Tsukasa Nakamura, Toshiaki Katayama, Daisuke Kihara, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 34 号: 3

    • DOI

      10.1002/pro.70052

    • 査読あり
  • [雑誌論文] IHMCIF: An Extension of the PDBx/mmCIF Data Standard for Integrative Structure Determination Methods.2024

    • 著者名
      Brinda Vallat, Benjamin M Webb, John D Westbrook, Thomas D Goddard, Christian A Hanke, Andrea Graziadei, Ezra Peisach, Arthur Zalevsky, Jared Sagendorf, Hongsuda Tangmunarunkit, Serban Voinea, Monica Sekharan, Jian Yu, Alexander A M J J Bonvin, Frank DiMaio, Gerhard Hummer, Jens Meiler, Emad Tajkhorshid, Thomas E Ferrin, Catherine L Lawson, Alexander Leitner, Juri Rappsilber, Claus A M Seidel, Cy M Jeffries, Stephen K Burley, Jeffrey C Hoch, Genji Kurisu, Kyle Morris, Ardan Patwardhan, Sameer Velankar, Torsten Schwede, Jill Trewhella, Carl Kesselman, Helen M Berman, Andrej Sali
    • 雑誌名

      Journal of molecular biology

      巻: 436 号: 17 ページ: 168546-168546

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2024.168546

    • 査読あり
  • [雑誌論文] PDB NextGen Archive: centralizing access to integrated annotations and enriched structural information by the Worldwide Protein Data Bank2024

    • 著者名
      Preeti Choudhary , Zukang Feng , John Berrisford , Henry Chao , Yasuyo Ikegawa , Ezra Peisach , Dennis W Piehl , James Smith , Ahsan Tanweer , Mihaly Varadi , John D Westbrook , Jasmine Y Young , Ardan Patwardhan , Kyle L Morris , Jeffrey C Hoch , Genji Kurisu , Sameer Velankar , Stephen K Burley
    • 雑誌名

      Database, The Journal of Biological Databases and Curation

      巻: 2024

    • DOI

      10.1093/database/baae041

    • 査読あり

URL: 

JSTプロジェクトデータベース掲載開始日: 2022-07-08   JSTプロジェクトデータベース最終更新日: 2026-09-08  

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