バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有システムの構築

研究課題

体系的番号	JPMJND2201
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJND2201
研究代表者	大浪修一理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー
研究期間 (年度)	2022 – 2026
概要	バイオイメージングデータと生命動態定量データの統合データベースである「SSBDデータベース」を、日本の全ての生命科学研究者が利活用し、かつ日米欧などの国際連携に基づく国際的データ共有基盤として再構築する。また、情報科学的な画像解析手法の開発・共有促進プラットフォームの構築、持続的な運用と発展を可能にするためのシステム開発を実施する。
研究領域	統合化推進プログラム

報告書

(5件)

2024 中間報告書 ( PDF ) 中間評価書 ( PDF ) 年次報告書 ( PDF )
2023 年次報告書 ( PDF )
2022 年次報告書 ( PDF )

主な研究成果
(10件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (10件) (国際共著 2件、査読あり 5件、オープンアクセス 8件)

[雑誌論文] A Round Table at IUPAB Congress in Kyoto 2024: Dreaming the Next 50 Years in Our Biophysics I2024
- 著者名
  Kumiko HAYASHI, Gerhard HUMMER, Jerelle A. JOSEPH, Rong LI, Takeharu NAGAI, Shuichi ONAMI, Feng ZHANG, Akira KITAMURA, Yuichi TOGASHI, Akira KAKUGO, Ikuko FUJIWARA, Tamiki KOMATSUZAKI
- 雑誌名
  
  Seibutsu Butsuri
  
  巻: 65 号: 1 ページ: 35-46
- DOI
  10.2142/biophys.65.35
[雑誌論文] Enabling global image data sharing in the life sciences2024
- 著者名
  Bajcsy, Peter, Bhattiprolu, Sreenivas, B?rner, Katy, Cimini, Beth A., Collinson, Lucy, Ellenberg, Jan, Fiolka, Reto, Giger, Maryellen, Goscinski, Wojtek, Hartley, Matthew, Hotaling, Nathan, Horwitz, Rick, Jug, Florian, Kemmer, Isabel, Kreshuk, Anna, Lundberg, Emma, Mathur, Aastha, Narayan, Kedar, Onami, Shuichi, Plant, Anne, L., Prior, Fred, Swedlow, Jason, R., Taylor, Adam, Keppler, Antje
- 雑誌名
  
  Nature Methods
- DOI
  https://doi.org/10.1038/s41592-024-02585-z
- 査読あり / 国際共著
[雑誌論文] Volumetric trans-scale imaging of massive quantity of heterogeneous cell populations in centimeter-wide tissue and embryo2024
- 著者名
  Ichimura, Taro, Kakizuka, Taishi, Taniguchi, Yoshitsugu, Ejima, Satoshi, Sato, Yuki, Itano, Keiko, Seiriki, Kaoru, Hashimoto, Hitoshi, Sugawara, Ko, Itoga, Hiroya, Onami, Shuichi, Nagai, Takeharu
- 雑誌名
  
  eLife
  
  巻: 13
- DOI
  10.7554/elife.93633.3
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Unifying community whole-brain imaging datasets enables robust neuron identification and reveals determinants of neuron position in C.?elegans2024
- 著者名
  Daniel Y. Sprague, Kevin Rusch, Raymond L. Dunn, Jackson M. Borchardt, Steven Ban, Greg Bubnis, Grace C. Chiu, Chentao Wen, Ryoga Suzuki, Shivesh Chaudhary, Hyun Jee Lee, Zikai Yu, Benjamin Dichter, Ryan Ly, Shuichi Onami, Hang Lu, Koutarou D. Kimura, Eviatar Yemini, Saul Kato
- 雑誌名
  
  Cell Reports Methods
  
  巻: 5 号: 1 ページ: 100964-100964
- DOI
  10.1016/j.crmeth.2024.100964
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Mesoscale heterogeneity is a critical determinant for spiral pattern formation in developing social amoeba2024
- 著者名
  Taishi Kakizuka, Hidenori Nakaoka, Yusuke Hara, Aya Ichiraku, Yoshiyuki Arai, Hiroya Itoga, Shuichi Onami, Taro Ichimura, Takeharu Nagai, Kazuki Horikawa
- 雑誌名
  
  Scientific Reports
  
  巻: 15 号: 1
- DOI
  10.1038/s41598-025-85759-9
- オープンアクセス
[雑誌論文] SSBD: an ecosystem for enhanced sharing and reuse of bioimaging data2024
- 著者名
  Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Yuki Yamagata, Emi Fujisawa, Fangfang Wang, Miguel Miranda-Miranda, Haruna Yamamoto, Yasue Nakano, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 53 号: D1 ページ: D1716-D1723
- DOI
  10.1093/nar/gkae860
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] An atlas and database of neuropeptide gene expression in the adult zebrafish forebrain2024
- 著者名
  Towako Hiraki‐Kajiyama, Nobuhiko Miyasaka, Reiko Ando, Noriko Wakisaka, Hiroya Itoga, Shuichi Onami, Yoshihiro Yoshihara
- 雑誌名
  
  Journal of Comparative Neurology
  
  巻: 532 号: 6
- DOI
  10.1002/cne.25619
- オープンアクセス
[雑誌論文] Homeostasis imbalance process ontology: a study on COVID-19 infectious processes.2024
- 著者名
  Yuki Yamagata, Tatsuya Kushida, Shuichi Onami, Hiroshi Masuya
- 雑誌名
  
  BMC medical informatics and decision making
  
  巻: 23 号: Suppl 4 ページ: 301-301
- DOI
  10.1186/s12911-024-02516-0
- オープンアクセス
[雑誌論文] Prototyping an Ontological Framework for Cellular Senescence Mechanisms: A Homeostasis Imbalance Perspective2024
- 著者名
  Yuki Yamagata, Tsubasa Fukuyama, Shuichi Onami, Hiroshi Masuya
- 雑誌名
  
  Scientific Data
  
  巻: 11 ページ: 485-485
- DOI
  10.1038/s41597-024-03331-y
- オープンアクセス
[雑誌論文] Survey on large language model annotation of cellular senescence from figures in review articles2024
- 著者名
  Yuki Yamagata, Ryota Yamada
- 雑誌名
  
  Genomics & Informatics
  
  巻: 22 号: 1 ページ: 7
- DOI
  https://doi.org/10.1186/s44342-024-00011-6
- 査読あり / オープンアクセス

バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有システムの構築

研究代表者

大浪 修一 理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー

報告書

主な研究成果

[雑誌論文] A Round Table at IUPAB Congress in Kyoto 2024: Dreaming the Next 50 Years in Our Biophysics I2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Enabling global image data sharing in the life sciences2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Volumetric trans-scale imaging of massive quantity of heterogeneous cell populations in centimeter-wide tissue and embryo2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Unifying community whole-brain imaging datasets enables robust neuron identification and reveals determinants of neuron position in C.?elegans2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Mesoscale heterogeneity is a critical determinant for spiral pattern formation in developing social amoeba2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] SSBD: an ecosystem for enhanced sharing and reuse of bioimaging data2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] An atlas and database of neuropeptide gene expression in the adult zebrafish forebrain2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Homeostasis imbalance process ontology: a study on COVID-19 infectious processes.2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Prototyping an Ontological Framework for Cellular Senescence Mechanisms: A Homeostasis Imbalance Perspective2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Survey on large language model annotation of cellular senescence from figures in review articles2024

著者名

雑誌名

DOI

大浪修一理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー