マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指した微生物統合データベースの特化型開発

研究課題

知識インフラの構築ライフサイエンスデータベース統合推進事業統合化推進プログラム

体系的番号	JPMJND2206
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJND2206
研究代表者	森宙史国立遺伝学研究所, 情報研究系, 准教授
研究期間 (年度)	2022 – 2026
概要	これまで開発してきた微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」について、既存データの更新は高効率化して維持しつつ、国際的に隆盛を極める微生物叢（マイクロバイオーム）研究に特化した国際的なデータハブMicrobiome Datahubとして再構築する。具体的には、微生物の表現型やメタゲノム由来のゲノムなどの新しいデータを統合化するとともに、マイクロバイオーム関連のデータ検索・解析機能を大幅に強化し、自由度の高い検索・データ取得を実現する。
研究領域	統合化推進プログラム

報告書

(5件)

2024 中間報告書 ( PDF ) 中間評価書 ( PDF ) 年次報告書 ( PDF )
2023 年次報告書 ( PDF )
2022 年次報告書 ( PDF )

主な研究成果
(4件)

すべて雑誌論文 (4件) (査読あり 3件、オープンアクセス 3件)

[雑誌論文] Enteropathway: the metabolic pathway database for the human gut microbiota2024
- 著者名
  Hirotsugu Shiroma, Youssef Darzi, Etsuko Terajima, Zenichi Nakagawa, Hirotaka Tsuchikura, Naoki Tsukuda, Yuki Moriya, Shujiro Okuda, Susumu Goto, Takuji Yamada
- 雑誌名
  
  Brief Bioinform
  
  巻: 25 号: 5
- DOI
  10.1093/bib/bbae419
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Automated Harmonization and Large-Scale Integration of Heterogeneous Biomedical Sample Metadata Using Large Language Models2024
- 著者名
  Koichi Higashi, Zenichi Nakagawa, Takuji Yamada, Hiroshi Mori
- 雑誌名
  
  bioRxiv
- DOI
  10.1101/2024.10.26.620145
- オープンアクセス
[雑誌論文] DFAST_QC: Quality Assessment and Taxonomic Identification Tool for Prokaryotic Genomes2024
- 著者名
  Mohamed Elmanzalawi, Takatomo Fujisawa, Hiroshi Mori, Yasukazu Nakamura, Yasuhiro Tanizawa
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 26
- DOI
  10.1186/s12859-024-06030-y
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] MBGD: Microbial Genome Database for Comparative Analysis Featuring Enhanced Functionality to Characterize Gene and Genome Functions Through Large-scale Orthology Analysis2024
- 著者名
  Ikuo Uchiyama, Motohiro Mihara, Hiroyo Nishide, Hirokazu Chiba, Masahiko Takayanagi, Mikihiko Kawai, Hideto Takami
- 雑誌名
  
  J Mol Biol.
  
  巻: 437 号: 15
- DOI
  10.1016/j.jmb.2025.168957
- 査読あり