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AIが先導するオートメーションタンパク質工学の創出

研究課題

戦略的な研究開発の推進 戦略的創造研究推進事業 CREST

体系的番号 JPMJCR22N2
DOI https://doi.org/10.52926/JPMJCR22N2

研究代表者

井上 圭一  東京大学, 物性研究所, 准教授

研究期間 (年度) 2022 – 2027
概要本研究ではタンパク質のアミノ酸配列と機能性の大規模データ取得のため、自動化機能評価システムとデジタルバイオアッセイ法の、2つの実験系を構築する。さらにそれらの実験データをオンラインでリアルタイムに、機械学習システムへリンクし、次なる実験計画を自動立案するオートメーション研究ループを実現する。これにより次世代の革新的オプトジェネティクスツールの創生が期待される。
研究領域データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新
  • 主な研究成果

    (16件)

すべて 2024

すべて 雑誌論文 (16件) (国際共著 4件、 査読あり 16件、 オープンアクセス 1件)

  • [雑誌論文] Molecular Mechanisms behind Circular Dichroism Spectral Variations between Channelrhodopsin and Heliorhodopsin Dimers2024

    • 著者名
      Kazuhiro J. Fujimoto, Yuta A. Tsuzuki, Keiichi Inoue, Takeshi Yanai
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 15 号: 21 ページ: 2389-2397

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bounded p-values in Parametric Programming-based Selective Inference2024

    • 著者名
      Tomohiro Shiraishi, Daiki Miwa, Vo Nguyen Le Duy and Ichiro Takeuchi
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Statistics and Data Science

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bounding Box-based Multi-objective Bayesian Optimization of Risk Measures under Input Uncertainty2024

    • 著者名
      Yu Inatsu, Shion Takeno, Hiroyuki Hanada, Kazuki Iwata, Ichiro Takeuchi
    • 雑誌名

      AI&Statistics (AIStats)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] CAD-DA: Controllable Anomaly Detection after Domain Adaptation by Statistical Inference2024

    • 著者名
      Duy Vo Nguyen Le, Hsuan-Tien Lin, Ichiro Takeuchi
    • 雑誌名

      AI&Statistics (AIStats)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Statistical Test for Attention Maps in Vision Transformers2024

    • 著者名
      Tomohiro Shiraishi, Daiki Miwa, Teruyuki Katsuoka, Vo Nguyen Le Duy, Kouichi Taji, Ichiro Takeuchi
    • 雑誌名

      Proceedings of The 41th International Conference on Machine Learning (ICML)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydrogen-Bonding and Hydrophobic Interaction Networks as Structural Determinants of Microbial Rhodopsin Function2024

    • 著者名
      ?va Bertalan, Masae Konno, Maria del Carmen Marin, Reza Bagherzadeh, Takashi Nagata, Leonid Brown, Keiichi Inoue, Ana-Nicoleta Bondar
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 128 号: 30 ページ: 7407-7426

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Gilbert damping of NiFe thin films grown on two-dimensional chiral hybrid lead-iodide perovskites2024

    • 著者名
      Tempei Hatajiri, Shoya Sakamoto, Hidetoshi Kosaki, Zikang Tian, Miuko Tanaka, Toshiya Ideue, Keiichi Inoue, Daigo Miyajima, Shinji Miwa
    • 雑誌名

      Physical Review B

      巻: 110 号: 5 ページ: 054435-054435

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Light-driven anion-pumping rhodopsin with unique cytoplasmic anion-release mechanism2024

    • 著者名
      Tomohiro Ishizuka, Kano Suzuki, Masae Konno, Keisei Shibata, Yuma Kawasaki, Hidefumi Akiyama, Takeshi Murata, Keiichi Inoue
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 300 号: 10 ページ: 107797-107797

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Latent Space Bayesian Optimization with Latent Data Augmentation for Enhanced Exploration2024

    • 著者名
      Boyar Onur and Ichiro Takeuchi
    • 雑誌名

      Neural Computation

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Active Learning for Level Set Estimation Using Randomized Straddle Algorithms2024

    • 著者名
      Yu Inatsu, Shion Takeno, Kentaro Kutsukake, Ichiro Takeuchi
    • 雑誌名

      Transactions on Machine Learning Research

    • 査読あり
  • [雑誌論文] HulaCCR1, a pump-like cation channelrhodopsin discovered in a lake microbiome2024

    • 著者名
      Shunki Takaramoto, Shai Fainsod, Takashi Nagata, Andrey Rozenberg, Oded B?j?, Keiichi Inoue
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 436 号: 23 ページ: 168844-168844

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Archaerhodopsin 3 is an ideal template for the engineering of highly fluorescent optogenetic reporters2024

    • 著者名
      Krystyna Herasymenko, Danushka Walisinghe, Masae Konno, Leonardo Barneschi, Isabelle de Waele, Michel Sliwa, Keiichi Inoue, Massimo Olivucci, Stefan Haacke
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 16 号: 2 ページ: 761-774

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Statistical Reliability of Data-driven Science and Technology (invited paper)2024

    • 著者名
      Ichiro Takeuchi
    • 雑誌名

      IEEJ Transactions on Electrical and Electronic Engineering

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Selective Inference for Changepoint Detection by Recurrent Neural Network2024

    • 著者名
      Tomohiro Shiraishi, Daiki Miwa, Vo Nguyen Le Duy, Ichiro Takeuchi
    • 雑誌名

      Neural Computation

      巻: 37

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemical-state imaging of a mammalian cell through multi-elemental soft x-ray spectro-ptychography2024

    • 著者名
      Kai Sakurai, Yoko Takeo, Shunki Takaramoto, Noboru Furuya, Kyota Yoshinaga, Takenori Shimamura, Jordan T. O'Neal, Yu Nakata, Satoru Egawa, Kazuyoshi Yoshimi, Haruhiko Ohashi, Hidekazu Mimura, Yoshihisa Harada, Keiichi Inoue, Mari Shimura, Takashi Kimura
    • 雑誌名

      Applied Physics Letters

      巻: 126 号: 4 ページ: 043702

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Weak Organic Acid Effect of Bacterial Light-Driven Proton-Pumping Rhodopsin2024

    • 著者名
      Zikun Lyu, Shunki Takaramoto, Keiichi Inoue
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 129 号: 12 ページ: 3198-3206

    • 査読あり

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JSTプロジェクトデータベース掲載開始日: 2023-12-27   JSTプロジェクトデータベース最終更新日: 2026-09-08  

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