１細胞ダイナミクスの多層分解による細胞地図の構築

研究課題

体系的番号	JPMJFR222X
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJFR222X
研究代表者	井元佑介京都大学, 高等研究院ヒト生物学高等研究拠点, 特定准教授
研究期間 (年度)	2024 – 2030 (予定)
概要	細胞分化における単一細胞内の遺伝子発現量の変化（１細胞ダイナミクス）を詳細に捉えることができれば、細胞分化の運命を決定する遺伝子の機能が明らかになり、生命の設計原理の解明につながります。本研究では、高次元ダイナミクスの分解理論に基づき、１細胞遺伝子発現データから１細胞ダイナミクスの情報を最大限引き出す解析技術を創出し、出力構造から細胞分化の全体像や経路を記述する細胞地図を構築することを目指します。
研究領域	川村パネル

報告書

(1件)

2024 終了報告書 ( PDF )

主な研究成果
(8件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (8件) (国際共著 2件、査読あり 4件、オープンアクセス 8件)

[雑誌論文] Topological Node2vec: Enhanced Graph Embedding via Persistent Homology2024
- 著者名
  Yasuaki Hiraoka, Yusuke Imoto, Killian Meehan, Theo Lacombe, Toshiaki Yachimura
- 雑誌名
  
  Journal of Machine Learning Research
  
  巻: 25 ページ: 1-26
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Comprehensive Noise Reduction in Single-Cell Data with the RECODE Platform2024
- 著者名
  Yusuke Imoto
- 雑誌名
  
  bioRxiv
- オープンアクセス
[雑誌論文] Curse of Dimensionality on Persistence Diagrams2024
- 著者名
  Yasuaki Hiraoka, Yusuke Imoto, Shu Kanazawa, Enhao Liu
- 雑誌名
  
  arXiv
- オープンアクセス
[雑誌論文] Numerical Computation of High Reynolds Number Cavity Flow Using SPH Method with Stream Function and Vorticity Formulation2024
- 著者名
  Yusuke Imoto
- 雑誌名
  
  arXiv
- オープンアクセス
[雑誌論文] 超双対数に基づく高階微分計算手法の開発と応用2024
- 著者名
  井元佑介
- 雑誌名
  
  応用数理
  
  巻: 34 号: 4 ページ: 23-33
- オープンアクセス
[雑誌論文] scEGOT: single-cell trajectory inference framework based on entropic Gaussian mixture optimal transport2024
- 著者名
  Toshiaki Yachimura, Hanbo Wang, Yusuke Imoto, Momoko Yoshida, Sohei Tasaki, Yoji Kojima, Yukihiro Yabuta, Mitinori Saitou, Yasuaki Hiraoka
- 雑誌名
  
  BMC Bioinformatics
  
  巻: 25 号: 1
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] The balance between IFN-γ and ERK/MAPK signaling activities ensures lifelong maintenance of intestinal stem cells2024
- 著者名
  May Nakajima-Koyama, Mio Kabata, Joonseong Lee, Yuko Sogabe, Satoko Sakurai, Akira Hirota, Mizuki Kimura, Tomonori Nakamura, Yusuke Imoto, Kohei Kometani, Yoko Hamazaki, Yasuaki Hiraoka, Mitinori Saitou, Eisuke Nishida, Takuya Yamamoto
- 雑誌名
  
  Cell Reports
  
  ページ: 115286-115286
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
[雑誌論文] Single-cell multiomic analysis revealed the differentiation, localization, and heterogeneity of IL10+ Foxp3? follicular T cells in humans2024
- 著者名
  Shusei Fujioka, Mayu Fujioka, Yusuke Imoto, Yasuyo Harada, Hiroyuki Yoshitomi, Masato Kubo, Yasuaki Hiraoka, Hideki Ueno
- 雑誌名
  
  International Immunology
- 査読あり / オープンアクセス

１細胞ダイナミクスの多層分解による細胞地図の構築

研究代表者

井元 佑介 京都大学, 高等研究院 ヒト生物学高等研究拠点, 特定准教授

報告書

主な研究成果

[雑誌論文] Topological Node2vec: Enhanced Graph Embedding via Persistent Homology2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Comprehensive Noise Reduction in Single-Cell Data with the RECODE Platform2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Curse of Dimensionality on Persistence Diagrams2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Numerical Computation of High Reynolds Number Cavity Flow Using SPH Method with Stream Function and Vorticity Formulation2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] 超双対数に基づく高階微分計算手法の開発と応用2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] scEGOT: single-cell trajectory inference framework based on entropic Gaussian mixture optimal transport2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] The balance between IFN-γ and ERK/MAPK signaling activities ensures lifelong maintenance of intestinal stem cells2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Single-cell multiomic analysis revealed the differentiation, localization, and heterogeneity of IL10+ Foxp3? follicular T cells in humans2024

著者名

雑誌名

井元佑介京都大学, 高等研究院ヒト生物学高等研究拠点, 特定准教授