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空間オミックスデータ解析用データベースの開発
研究課題
知識インフラの構築
ライフサイエンスデータベース統合推進事業
統合化推進プログラム
育成型
体系的番号
JPMJND2303
DOI
https://doi.org/10.52926/JPMJND2303
研究代表者
Vandenbon Alexis
京都大学, 医生物学研究所, 准教授
研究期間 (年度)
2023 – 2025
概要
主要なプラットフォームで取得したさまざまな組織の空間トランスクリプトームの公開データを容易に閲覧できるデータベースを構築する。このデータベースにより、組織全体で取得されたバルクRNA-seqに基づいて立てられた仮説の検証や、空間トランスクリプトーム解析からの新たな仮説の立案が、誰にでも平易にできるようになる。
研究領域
統合推進プログラム(育成型)
報告書
(2件)
2024
年次報告書
(
PDF
)
2023
年次報告書
(
PDF
)
主な研究成果
(
2
件)
すべて
2024
すべて
雑誌論文 (2件)
[雑誌論文] DeepSpaceDB:空間トランスクリプトミクスデータの探索的解析
2024
著者名
Alexis Vandenbon, 竹本経緯子
雑誌名
実験医学
巻
: 43
号
: 6
[雑誌論文] DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments
2024
著者名
Honcharuk V., Zainab A., Horimoto Y., Takemoto K., Diez D., Kawaoka S., Vandenbon A.
雑誌名
bioRxiv