次世代低分子マススペクトルデータベース　シン・マスバンクの構築

研究課題

知識インフラの構築ライフサイエンスデータベース統合推進事業統合化推進プログラム本格型

体系的番号	JPMJND2305
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJND2305
研究代表者	松田史生大阪大学, 大学院情報科学研究科, 教授
研究期間 (年度)	2023 – 2027
概要	MassBankを刷新し、生体由来スペクトルを集積していくためのパイプライン、Shin-MassBankを構築する。生データリポジトリのMB-POSTと予測マススペクトルを収載したMassBank in silicoを新たに構築し、高品質な実測マススペクトルをMassBankに保存していく体制を作る。ユーザー主導の開発体制で、生命科学研究者などのユーザーニーズを満たす次世代データベースを構築する。
研究領域	統合推進プログラム（本格型）

報告書

(2件)

2024 年次報告書 ( PDF )
2023 年次報告書 ( PDF )

主な研究成果
(7件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (7件) (査読あり 1件)

[雑誌論文] Data Processing of Product Ion Spectra: Methods to Control False Discovery Rate in Compound Search Results for Untargeted Metabolomics.2024
- 著者名
  Fumio Matsuda
- 雑誌名
  
  Mass spectrometry (Tokyo, Japan)
  
  巻: 13 号: 1 ページ: A0155
- DOI
  10.5702/massspectrometry.A0155
- 査読あり
[雑誌論文] Concordant inter-laboratory derived concentrations of ceramides in human plasma reference materials via authentic standards2024
- 著者名
  Federico Torta et al
- 雑誌名
  
  Nature Communications
  
  巻: 15 号: 1
- DOI
  10.1038/s41467-024-52087-x
[雑誌論文] MS2Lipid: A Lipid Subclass Prediction Program Using Machine Learning and Curated Tandem Mass Spectral Data2024
- 著者名
  Nami Sakamoto, Takaki Oka, Yuki Matsuzawa, Kozo Nishida, Jayashankar Jayaprakash, Aya Hori, Makoto Arita, Hiroshi Tsugawa
- 雑誌名
  
  Metabolites
- DOI
  10.3390/metabo14110602
[雑誌論文] Using Variable Data-Independent Acquisition for Capillary Electrophoresis-Based Untargeted Metabolomics2024
- 著者名
  Saki Kiuchi, Yasuhiro Otoguro, Tomoaki Nitta, Mi Hwa Chung, Taiki Nakaya, Yuki Matsuzawa, Katsuya Ohbuchi, Kazunori Sasaki, Hiroyuki Yamamoto, Hiroshi Tsugawa
- 雑誌名
  
  Journal of the American Society for Mass Spectrometry
- DOI
  10.1021/jasms.4c00132
[雑誌論文] A lipidome landscape of aging in mice2024
- 著者名
  Hiroshi Tsugawa, Tomoaki Ishihara, Kota Ogasa, Seigo Iwanami, Aya Hori, Mikiko Takahashi, Yutaka Yamada, Naoko Satoh-Takayama, Hiroshi Ohno, Aki Minoda, Makoto Arita
- 雑誌名
  
  Nature Aging
  
  巻: 4 号: 5 ページ: 709-726
- DOI
  10.1038/s43587-024-00610-6
[雑誌論文] Characterization of Entamoeba fatty acid elongases; validation as targets and provision of promising leads for new drugs against amebiasis2024
- 著者名
  Fumika Mi-ichi, Hiroshi Tsugawa, Tam Kha Vo, Yuto Kurizaki, Hiroki Yoshida, Makoto Arita
- 雑誌名
  
  PLOS Pathogens
  
  巻: 20 号: 8 ページ: e1012435-e1012435
- DOI
  10.1371/journal.ppat.1012435
[雑誌論文] MS-DIAL 5 multimodal mass spectrometry data mining unveils lipidome complexities2024
- 著者名
  Hiroaki Takeda, Yuki Matsuzawa, Manami Takeuchi, Mikiko Takahashi, Kozo Nishida, Takeshi Harayama, Yoshimasa Todoroki, Kuniyoshi Shimizu, Nami Sakamoto, Takaki Oka, Masashi Maekawa, Mi Hwa Chung, Yuto Kurizaki, Saki Kiuchi, Kanako Tokiyoshi, Bujinlkham Buyantogtokh, Misaki Kurata, Ale? Kvasni?ka, Ushio Takeda, Haruki Uchino, Mayu Hasegawa, Junki Miyamoto, Kana Tanabe, Shigenori Takeda, Tetsuya Mori, Ryota Kumakubo, Tsuyoshi Tanaka, Tomoko Yoshino, Makoto Arita, Hiroshi Tsugawa
- DOI
  10.1101/2024.02.07.579267

次世代低分子マススペクトルデータベース シン・マスバンクの構築

研究代表者

松田 史生 大阪大学, 大学院情報科学研究科, 教授

報告書

主な研究成果

[雑誌論文] Data Processing of Product Ion Spectra: Methods to Control False Discovery Rate in Compound Search Results for Untargeted Metabolomics.2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Concordant inter-laboratory derived concentrations of ceramides in human plasma reference materials via authentic standards2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] MS2Lipid: A Lipid Subclass Prediction Program Using Machine Learning and Curated Tandem Mass Spectral Data2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Using Variable Data-Independent Acquisition for Capillary Electrophoresis-Based Untargeted Metabolomics2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] A lipidome landscape of aging in mice2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] Characterization of Entamoeba fatty acid elongases; validation as targets and provision of promising leads for new drugs against amebiasis2024

著者名

雑誌名

DOI

[雑誌論文] MS-DIAL 5 multimodal mass spectrometry data mining unveils lipidome complexities2024

著者名

DOI

次世代低分子マススペクトルデータベース　シン・マスバンクの構築

松田史生大阪大学, 大学院情報科学研究科, 教授