jPOST prime：コミュニティ連携を基盤とするプロテオームデータベース環境の実現

研究課題

知識インフラの構築ライフサイエンスデータベース統合推進事業統合化推進プログラム本格型

体系的番号	JPMJND2304
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJND2304
研究代表者	石濱泰京都大学, 大学院薬学研究科, 教授
研究期間 (年度)	2023 – 2027
概要	多種多様な生物種、翻訳後修飾なども含むプロテオームの生データリポジトリと、発現解析が可能な再解析データのデータベースからなる統合プロテオームデータベースjPOSTのデータ拡充と機能の強化を行う。データベース開発チームとユーザーが一体となってデータサイエンスに取り組むjPOST primeを立ち上げ、生命科学、情報科学、臨床、工学、食品分野などに貢献する。
研究領域	統合推進プログラム（本格型）

報告書

(2件)

2024 年次報告書 ( PDF )
2023 年次報告書 ( PDF )

主な研究成果
(2件)

すべて雑誌論文 (2件) (国際共著 1件、査読あり 2件、オープンアクセス 2件)

[雑誌論文] jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data2024
- 著者名
  Shujiro Okuda, Akiyasu?C Yoshizawa, Daiki Kobayashi, Yushi Takahashi, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Atsushi Hatano, Tomoyo Takami, Masaki Matsumoto, Norie Araki, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Yoshio Kodera, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Shin Kawano, Yasushi Ishihama
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 53 号: D1 ページ: D462-D467
- DOI
  10.1093/nar/gkae1032
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] The Proteomics Standards Initiative Standardized Formats for Spectral Libraries and Fragment Ion Peak Annotations: mzSpecLib and mzPAF2024
- 著者名
  Joshua Klein, Henry Lam, Tytus D. Mak, Wout Bittremieux, Yasset Perez-Riverol, Ralf Gabriels, Jim Shofstahl, Helge Hecht, Pierre-Alain Binz, Shin Kawano, Tim Van Den Bossche, Jeremy Carver, Benjamin A. Neely, Luis Mendoza, Tomi Suomi, Tine Claeys, Thomas Payne, Douwe Schulte, Zhi Sun, Nils Hoffmann, Yunping Zhu, Steffen Neumann, Andrew R. Jones, Nuno Bandeira, Juan Antonio Vizca?no, Eric W. Deutsch
- 雑誌名
  
  Analytical Chemistry
  
  巻: 96 ページ: 18491-18501
- DOI
  10.1021/acs.analchem.4c04091
- 査読あり / オープンアクセス / 国際共著