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マルチモーダル時空間統合オミクス解析による哺乳類細胞運命制御基盤の理解

研究課題

戦略的な研究開発の推進 戦略的創造研究推進事業 CREST

体系的番号 JPMJCR23N3
DOI https://doi.org/10.52926/JPMJCR23N3

研究代表者

落合 博  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授

研究期間 (年度) 2023 – 2028
概要哺乳類発生過程には確率的要素や未知因子が多数関与しており、細胞運命制御機構の詳細な理解は困難です。本研究では、マウスの初期発生過程およびオルガノイドを対象に、細胞間での遺伝子発現の多様性、それを制御するエピゲノム要素、そして細胞間相互作用をデータ駆動的に、マルチモーダルかつ時空間的に解析することで、細胞運命制御機構を明らかにします。
研究領域データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新
  • 主な研究成果

    (13件)

すべて 2024

すべて 雑誌論文 (13件) (国際共著 5件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 10件)

  • [雑誌論文] Precise immunofluorescence canceling for highly multiplexed imaging to capture specific cell states2024

    • 著者名
      Kosuke Tomimatsu, Takeru Fujii, Ryoma Bise, Kazufumi Hosoda, Yosuke Taniguchi, Hiroshi Ochiai, Hiroaki Ohishi, Kanta Ando, Ryoma Minami, Kaori Tanaka, Taro Tachibana, Seiichi Mori, Akihito Harada, Kazumitsu Maehara, Masao Nagasaki, Seiichi Uchida, Hiroshi Kimura, Masashi Narita, Yasuyuki Ohkawa
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 3657

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The relationship between nanoscale genome organization and gene expression in mouse embryonic stem cells during pluripotency transition2024

    • 著者名
      Ximena Garate, Pablo Aurelio Gomez-Garcia, Manuel Fernandez Merino, Marta?Cadevall Angles, Chenggan Zhu, Alvaro Castells-Garcia, Ilyas Ed-daoui, Laura Martin, Hiroshi Ochiai, Maria?Victoria Neguembor, Maria?Pia Cosma
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 52 号: 14 ページ: 8146-8164

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Continual few-shot patch-based learning for anime-style colorization2024

    • 著者名
      Akinobu Maejima, Seitaro Shinagawa, Hiroyuki Kubo, Takuya Funatomi, Tatsuo Yotsukura, Satoshi Nakamura, Yasuhiro Mukaigawa
    • 雑誌名

      Computational Visual Media

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Loss of Tob1 promotes muscle regeneration through muscle stem cell expansion.2024

    • 著者名
      Yasuo Kitajima, Kiyoshi Yoshioka, Yoko Mikumo, Shun Ohki, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa, Yusuke Ono
    • 雑誌名

      Journal of cell science

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 4D Genome Analysis Using PHi-C22024

    • 著者名
      Soya Shinkai, Shuichi Onami
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2856 ページ: 271-279

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Image Analysis Protocol for DNA/RNA/Immunofluorescence (IF)-seqFISH Data2024

    • 著者名
      Hiroaki Ohishi, Hiroshi Ochiai
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      ページ: 419-432

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Generalized Langevin dynamics for single beads in linear elastic networks2024

    • 著者名
      Soya Shinkai, Shuichi Onami, Tomoshige Miyaguchi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 110 号: 4 ページ: 044136

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Defects in the H3t Gene Cause an Increase in Leydig Cells With Impaired Spermatogenesis in Mice.2024

    • 著者名
      Qianmei Wu, Miho Ito, Takeru Fujii, Kaori Tanaka, Kohta Nakatani, Yoshihiro Izumi, Takeshi Bamba, Takashi Baba, Kazumitsu Maehara, Kosuke Tomimatsu, Tatsuya Takemoto, Yasuyuki Ohkawa, Akihito Harada
    • 雑誌名

      Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transcription-coupled changes in genomic region proximities during transcriptional bursting2024

    • 著者名
      Hiroaki Ohishi, Soya Shinkai, Hitoshi Owada, Takeru Fujii, Kazufumi Hosoda, Shuichi Onami, Takashi Yamamoto, Yasuyuki Ohkawa, Hiroshi Ochiai
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 10 号: 49

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An Event Camera Simulator for Arbitrary Viewpoints Based on Neural Radiance Fields2024

    • 著者名
      Diego Rodriguez, Motoharu Sonogashira, Kazuya Kitano, Yuki Fujimura, Takuya Funatomi, Yasuhiro Mukaigawa, Yasutomo Kawanishi
    • 雑誌名

      Proceedings of the 20th International Joint Conference on Computer Vision, Imaging and Computer Graphics Theory and Applications

      ページ: 774-780

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Refractive epitrochoids sampling for light field measurement using wedge prisms2024

    • 著者名
      Akihiro Higaki, Kazuya Kitano, Yuki Fujimura, Takahiro Kushida, Takuya Funatomi, Yasuhiro Mukaigawa
    • 雑誌名

      Optics Express

      巻: 33 号: 2 ページ: 2604-2604

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Intercellular mRNA transfer alters the human pluripotent stem cell state2024

    • 著者名
      Yosuke Yoneyama, Ran-Ran Zhang, Mari Maezawa, Hideki Masaki, Masaki Kimura, Yuqi Cai, Mike Adam, Sreeja Parameswaran, Naoaki Mizuno, Joydeep Bhadury, So Maezawa, Hiroshi Ochiai, Hiromitsu Nakauchi, S. Steven Potter, Matthew T. Weirauch, Takanori Takebe
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 122 号: 4

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] In silico nanoscope to study the interplay of genome organization and transcription regulation2024

    • 著者名
      Soundhararajan Gopi, Giovanni B Brandani, Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chenyang Gu, Azuki Mizutani, Hiroshi Ochiai, Yuji Sugita, Shoji Takada
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著

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JSTプロジェクトデータベース掲載開始日: 2023-12-27   JSTプロジェクトデータベース最終更新日: 2026-09-08  

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