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細胞機能を担う超分子複合体の原子分解能ダイナミクス

研究課題

戦略的な研究開発の推進 戦略的創造研究推進事業 CREST

体系的番号 JPMJCR20E2
DOI https://doi.org/10.52926/JPMJCR20E2

研究代表者

濡木 理  東京大学, 大学院理学系研究科, 教授

研究期間 (年度) 2020 – 2025
概要Prestin、CesA、SID超分子複合体に関して、濡木Gのクライオ電子顕微鏡単粒子解析および電子線トモグラフィー法による静的構造の決定、岡田Gの生細胞内での一分子計測技術や超解像顕微鏡法などの革新的顕微鏡技術を用いた動態解析、クライオ蛍光顕微鏡技術(藤芳G)を有機的に組み合わせ、細胞が構築され、運動し、恒常性が維持される生細胞中でのダイナミックな分子機構をリアルタイムかつ原子分解能で解明する。
研究領域細胞内現象の時空間ダイナミクス
  • 主な研究成果

    (23件)

すべて 2024

すべて 雑誌論文 (23件) (国際共著 6件、 査読あり 23件、 オープンアクセス 19件)

  • [雑誌論文] Efficiency of transcription and translation of cell-free protein synthesis systems in cell-sized lipid vesicles with changing lipid composition determined by fluorescence measurements.2024

    • 著者名
      Akari Miwa, Masatoshi Wakamori, Tetsuro Ariyoshi, Yasushi Okada, Mikako Shirouzu, Takashi Umehara, Koki Kamiya
    • 雑誌名

      Scientific reports

      巻: 14 号: 1 ページ: 2852-2852

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Stereochemistry-Dependent Labeling of Organelles with a Near-Infrared-Emissive Phosphorus-Bridged Rhodamine Dye in Live-Cell Imaging.2024

    • 著者名
      Qian Wu, Masayasu Taki, Yoshiki Tanaka, Manish Kesherwani, Quan Manh Phung, Sawako Enoki, Yasushi Okada, Florence Tama, Shigehiro Yamaguchi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie (International ed. in English)

      巻: 63 号: 15 ページ: 202400711

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] StayGold photostability under different illumination modes2024

    • 著者名
      Masahiko Hirano, Yasuo Yonemaru, Satoshi Shimozono, Mayu Sugiyama, Ryoko Ando, Yasushi Okada, Takahiro Fujiwara, Atsushi Miyawaki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 14 号: 1 ページ: 5541-5541

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural basis for pegRNA-guided reverse transcription by a prime editor2024

    • 著者名
      Y. Shuto, R. Nakagawa, S. Zhu, M. Hoki, S. N. Omura, H. Hirano, Y. Itoh, F. Zhang and O. Nureki
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 631 号: 8019 ページ: 224-231

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cryo-EM structure of I domain-containing integrin αEβ72024

    • 著者名
      H. Akasaka, D. Sato, W. Shihoya, O. Nureki* and Y. Kise
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 721 ページ: 150121

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure and dynamics of the pyroglutamylated RF-amide peptide QRFP receptor GPR1032024

    • 著者名
      A. Iwama, R. Kise, H. Akasaka, F. K. Sano, H. S. Oshima, A. Inoue, W. Shihoya and O. Nureki
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 15 号: 1 ページ: 4769

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-EM advances in GPCR structure determination2024

    • 著者名
      W. Shihoya, A. Iwama, F. K. Sano and O. Nureki
    • 雑誌名

      J. Biochem.

      巻: 176

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dimeric transport mechanism of human vitamin C transporter SVCT1.2024

    • 著者名
      Takaaki A Kobayashi, Hiroto Shimada, Fumiya K Sano, Yuzuru Itoh, Sawako Enoki, Yasushi Okada, Tsukasa Kusakizako, Osamu Nureki
    • 雑誌名

      Nature communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 5569-5569

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] <scp>BMP4</scp> regulates asymmetric Pkd2 distribution in mouse nodal immotile cilia and ciliary mechanosensing required for left?right determination2024

    • 著者名
      Takanobu A. Katoh, Tim Lange, Yoshiro Nakajima, Kenta Yashiro, Yasushi Okada, Hiroshi Hamada
    • 雑誌名

      Developmental Dynamics

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Detection of diffusion anisotropy from an individual short particle trajectory2024

    • 著者名
      Kaito Takanami, Daisuke Taniguchi, Masafumi Kuroda, Sawako Enoki, Yasushi Okada, Yoshiyuki Kabashima
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 6 号: 3

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The high-light-sensitivity mechanism and optogenetic properties of the bacteriorhodopsin-like channelrhodopsin GtCCR42024

    • 著者名
      T. Tanaka, S. Hososhima, Y. Yamashita, T. Sugimoto, T. Nakamura, S. Shigemura, W. Iida, F. K. Sano, K. Oda, T. Uchihashi, K. Katayama, Y. Furutani, S. P. Tsunoda, W. Shihoya, H. Kandori and O. Nureki
    • 雑誌名

      Mol. Cell

      巻: 84 ページ: 3530-3544

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Exploring RNA-guided DNA scissors in eukaryotes: Are Fanzors counterparts of CRISPR-Cas12s2024

    • 著者名
      S. N. Omura SN and O. Nureki
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 187 ページ: 5220-5222

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] KIF1C facilitates retrograde transport of lysosomes through Hook3 and dynein.2024

    • 著者名
      Takeshi Saji, Mitsuharu Endo, Yasushi Okada, Yasuhiro Minami, Michiru Nishita
    • 雑誌名

      Communications biology

      巻: 7 号: 1 ページ: 1305-1305

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Theoretical insights into rotary mechanism of MotAB in the bacterial flagellar motor.2024

    • 著者名
      Shintaroh Kubo, Yasushi Okada, Shoji Takada
    • 雑誌名

      Biophysical journal

      巻: 123 号: 20 ページ: 3587-3599

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nucleic Acid-Rich Stress Granules Are Not Merely Crowded Condensates: A Quantitative Raman Imaging Study2024

    • 著者名
      Ren Shibuya, Shinji Kajimoto, Hideyuki Yaginuma, Tetsuro Ariyoshi, Yasushi Okada, Takakazu Nakabayashi
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 96 号: 43 ページ: 17078-17085

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural mechanisms of potent lysophosphatidic acid receptor 1 activation by nonlipid basic agonists2024

    • 著者名
      H. Akasaka, F. K. Sano, W. Shihoya and O. Nureki.
    • 雑誌名

      Commun. Biol.

      巻: 7 号: 1 ページ: 1444

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural insights into the agonist selectivity of the adenosine A3 receptor2024

    • 著者名
      H. S. Oshima, A. Ogawa, F. K. Sano, H. Akasaka, T. Kawakami, A. Iwama, H. H. Okamoto, C. Nagiri, F. Y. Wei, W. Shihoya and O. Nureki
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 15 ページ: 9294

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of fluorescence lifetime biosensors for ATP, cAMP, citrate, and glucose using the mTurquoise2-based platform2024

    • 著者名
      Chongxia Zhong, Satoshi Arai, Yasushi Okada
    • 雑誌名

      Cell Reports Methods

      巻: 4 号: 11 ページ: 100902-100902

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural insights into how Cas9 targets nucleosomes2024

    • 著者名
      R. Nagamura, T. Kujirai, J. Kato, Y. Shuto, T. Kusakizako, H. Hirano, M. Endo, S. Toki, H. Saika, H. Kurumizaka and O. Nureki.
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 15 号: 1 ページ: 10744

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular basis of promiscuous chemokine binding and structural mimicry at the C-X-C chemokine receptor, CXCR22024

    • 著者名
      S. Saha, F. K. Sano, S. Sharma, M. Ganguly, S. Mishra, A. Dalal, H. Akasaka, T. A. Kobayashi, N. Zaidi, D. Tiwari, N. Roy, M. K. Yadav, N. Banerjee, S. Saha, S. Mohapatra, Y. Itoh, A. Chevigne, R. Banerjee, W. Shihoya, O. Nureki
    • 雑誌名

      Mol. Cell

      巻: 85 号: 5 ページ: 976-988

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The ATPase asymmetry: Novel computational insight into coupling diverse FO motors with tripartite F1.2024

    • 著者名
      Shintaroh Kubo, Yasushi Okada
    • 雑誌名

      Biophysical journal

      巻: 124 号: 6 ページ: 891-900

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cryo-EM Analysis of a Unique Subnucleosome Containing Centromere-Specific Histone Variant CENP-A2024

    • 著者名
      O, Kawasaki., Y, Takizawa., I, Kiyokawa., H, Kurumizaka., K, Nozawa.
    • 雑誌名

      Genes Cells

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural visualization of small molecule recognition by CXCR3 uncovers dual-agonism in the CXCR3-CXCR7 system2024

    • 著者名
      S. Saha, F. K. Sano, S. Sharma, M. Ganguly, A. Dalal, S. Mishra, D. Tiwari, H. Akasaka, T. K. Kobayashi, N. Roy, N. Zaidi, Y. Itoh, R. Leurs, R. Banerjee, W. Shihoya, O. Nureki and A. K. Shukla.
    • 雑誌名

      Nat. Commun.

      巻: 16 号: 1 ページ: 3047

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著

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JSTプロジェクトデータベース掲載開始日: 2021-03-18   JSTプロジェクトデータベース最終更新日: 2026-09-08  

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