クライオ電顕によるDOCKシグナロソームの動的構造の解明

研究課題

体系的番号	JPMJCR22E3
DOI	https://doi.org/10.52926/JPMJCR22E3
研究代表者	白水美香子理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー
研究期間 (年度)	2022 – 2027
概要	本研究では、細胞の運動・形態変化を制御するDOCK/Rhoファミリーシグナル伝達系について、タンパク質が連携して細胞膜上で刺激を伝達する分子機構の解明を目指します。再構成系で様々な活性状態の高分解能構造を取得し、クライオ電子線トモグラフィー法による細胞内分子の位置情報取得、標識化合物を使った細胞内環境での構造解析により、シグナロソームの形成機構や細胞形態変化への関与を分子レベルで解明します。
研究領域	細胞内現象の時空間ダイナミクス

主な研究成果
(9件)

すべて 2024

すべて雑誌論文 (9件) (査読あり 9件、オープンアクセス 9件)

[雑誌論文] Autism spectrum disorder- and/or intellectual disability-associated Semaphorin-5A exploits the mechanism by which Dock5 signalosome molecules control cell shape.2024
- 著者名
  Miyu Okabe, Takanari Sato, Mikito Takahashi, Asahi Honjo, Maho Okawa, Miki Ishida, Mutsuko Kukimoto-Niino, Mikako Shirouzu, Yuki Miyamoto, Junji Yamauchi
- 雑誌名
  
  CURRENT ISSUES IN MOLECULAR BIOLOGY
  
  巻: 46 号: 4 ページ: 3092-3107
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] RhoG facilitates a conformational transition in the guanine nucleotide exchange factor complex DOCK5/ELMO1 to an open state2024
- 著者名
  Mutsuko Kukimoto-Niino, Kazushige Katsura, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Chiemi Mishima-Tsumagari, Mayumi Yonemochi, Mio Inoue, Reiko Nakagawa, Rahul Kaushik, Kam Y J Zhang, Mikako Shirouzu
- 雑誌名
  
  Journal of Biological Chemistry
  
  巻: 300 号: 7 ページ: 107459
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] A methodology of quantifying membrane permeability based on returning probability theory and molecular dynamics simulation2024
- 著者名
  Yuya Matsubara, Ryo Okabe, Ren Masayama, Nozomi Morishita Watanabe, Hiroshi Umakoshi, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 161 号: 2
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] 1,3-Butadiynyl sulfide-based compact trialkyne platform molecule for sequential assembly of three azides2024
- 著者名
  Jumpei Taguchi, Kento Tokunaga, Hitomi Tabuchi, Takashi Nishiyama, Isao Kii, and Takamitsu Hosoya.
- 雑誌名
  
  Chemical Communications
  
  巻: 60 ページ: 14581-4584
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Red-light Emitting Orthogonally Trireactive Gold Nanoclusters for the Synthesis of Multifunctionalized Nanomaterials2024
- 著者名
  Kenji Watanabe, Yuta Uetake, Machi Hata, Anna Kuwano, Riko Yamamoto, Yasutomo Yamamoto, Masahito Kodera, Hiroaki Kitagishi, Takashi Niwa, Takamitsu Hosoya
- 雑誌名
  
  Small
  
  巻: 21 号: 17 ページ: 2408747
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Flexible framework of computing binding free energy using the energy representation theory of solution2024
- 著者名
  Kazuya Okita, Yusei Maruyama, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi
- 雑誌名
  
  The Journal of Chemical Physics
  
  巻: 162 号: 3 ページ: 034103
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Spatiotemporal dynamics of protamine?DNA condensation revealed by high-speed atomic force microscopy2024
- 著者名
  Goro Nishide, Keesiang Lim, Akiko Kobayashi, Yujia Qiu, Masaharu Hazawa, Toshio Ando, Yuki Okada, Richard W Wong
- 雑誌名
  
  Nucleic Acids Research
  
  巻: 53 号: 6
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Nanoscopic Profiling of Small Extracellular Vesicles via High-Speed Atomic Force Microscopy (HS-AFM) Videography2024
- 著者名
  Muhammad Isman Sandira, Keesiang Lim, Takeshi Yoshida, Elma Sakinatus Sajidah, Shinnosuke Narimatsu, Reon Imakawa, Kota Yoshimura, Goro Nishide, Yujia Qiu, Azuma Taoka, Masaharu Hazawa, Toshio Ando, Rikinari Hanayama, Richard W. Wong
- 雑誌名
  
  Journal of Extracellular Vesicles
  
  巻: 14 号: 4 ページ: 270050
- 査読あり / オープンアクセス
[雑誌論文] Zooming into Gene Activation: Estrogen Receptor α Dimerization and DNA Binding Visualized by High-Speed Atomic Force Microscopy2024
- 著者名
  Goro Nishide, Tomoka Ishibashi, Keesiang Lim, Yujia Qiu, Masaharu Hazawa, Ayami Matsushima, Richard W Wong
- 雑誌名
  
  ACS Nano
  
  巻: 19 号: 16 ページ: 15395-15410
- 査読あり / オープンアクセス

クライオ電顕によるDOCKシグナロソームの動的構造の解明

研究代表者

白水 美香子 理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー

主な研究成果

[雑誌論文] Autism spectrum disorder- and/or intellectual disability-associated Semaphorin-5A exploits the mechanism by which Dock5 signalosome molecules control cell shape.2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] RhoG facilitates a conformational transition in the guanine nucleotide exchange factor complex DOCK5/ELMO1 to an open state2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] A methodology of quantifying membrane permeability based on returning probability theory and molecular dynamics simulation2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] 1,3-Butadiynyl sulfide-based compact trialkyne platform molecule for sequential assembly of three azides2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Red-light Emitting Orthogonally Trireactive Gold Nanoclusters for the Synthesis of Multifunctionalized Nanomaterials2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Flexible framework of computing binding free energy using the energy representation theory of solution2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Spatiotemporal dynamics of protamine?DNA condensation revealed by high-speed atomic force microscopy2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Nanoscopic Profiling of Small Extracellular Vesicles via High-Speed Atomic Force Microscopy (HS-AFM) Videography2024

著者名

雑誌名

[雑誌論文] Zooming into Gene Activation: Estrogen Receptor α Dimerization and DNA Binding Visualized by High-Speed Atomic Force Microscopy2024

著者名

雑誌名

白水美香子理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー